SAKIP atau Sistem Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah merupakan rangkaian aktivitas perencanaan, pengukuran, dan pelaporan kinerja instansi. RS Mata Masyarakat Jawa Timur sebagai organisasi pemerintahan melakukan pencatatan dan melaporkan setiap penggunaan keuangan negara serta kesesuaiannya dengan ketentuan yang berlaku.